Автотранспортный цех одно из значимых звеньев в работе ООО «Башкирская медь». Цех был создан 1 мая 2006 года. Первый начальник АТЦ Борис Павлов, главный инженер Анатолий Мамонтов.

В цехе насчитывается 140 единиц разной техники, в том числе 65 автосамосвалов БелАЗ, 3 сочлененных «Volvo» и «Komatsu», 8 бульдозеров, 5 погрузчиков, 3 автогрейдера и 11 спецмашин. Для ремонта всей техники имеется большой ангар, в котором установлены: сварочное, токарное оборудование, стенды для разборки двигателей, регулировки топливной аппаратуры, монтажа крупно-габаритных шин.  

В целях повышения промышленной безопасности и повышения эффективности работы автопарка, транспортные средства оснащены Системой спутникового контроля автотранспорта и учета топлива СКАУТ.

Применение системы позволяет сократить расходы по эксплуатации транспорта, повысить эффективность работы автопарка. GPS-мониторинг дает возможность собирать информацию о количестве моточасов, местонахождении транспорта, дате и времени пребывания машины в той или иной точке, а также контролировать расход топлива